സി.പി.എം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായി കോടിയേരി തുടരും. സെക്രട്ടറി പദവിയില് ഇതു മൂന്നാമൂഴമാണ് കോടിയേരിക്ക്.സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റിയിൽ നിന്ന് ജി.സുധാകരനെ ഒഴിവാക്കി. കമ്മിറ്റിയിലേക്ക് പരിഗണിക്കരുതെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് സുധാകരൻ നേതൃത്വത്തിന് കത്ത് നൽകിയിരുന്നു. സുധാകരന് അടക്കം 13 പേരെ സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റിയില് നിന്നും ഒഴിവാക്കി. ജോണ് ബ്രിട്ടാസ്, ചിന്ത ജെറോം, വി.പി സാനു എന്നിവർ കമ്മിറ്റി അംഗങ്ങളാകും.
സി.പി.എമ്മിലെ സൗമ്യമുഖമെന്ന് അറിയപ്പെടുന്ന കോടിയേരി പാർട്ടി പ്രതിസന്ധിയിൽ ആയപ്പോഴൊക്കെ മുന്നിൽ നിന്ന് നയിച്ച നേതാവ് കൂടിയാണ്. കേരളത്തിലെ സി.പി.എം പ്രവർത്തകർക്ക് കോടിയേരി എന്നത് കേവലം ഒരു സ്ഥല നാമമല്ല. മറിച്ച് പോരാട്ടങ്ങളിലൂടെ ഉരുവം ചെയ്തെടുത്ത വിപ്ലവ കാരിയുടെ പേരാണ്.എന്നാൽ വ്യക്തി ജീവിതത്തിലും രാഷ്ട്രീയ ജീവിതത്തിലും വിവാദങ്ങളും കോടിയേരിക്ക് കൂടെപ്പിറപ്പായിരുന്നു അപ്പോഴൊക്കെ അതിനെ മറികടന്ന് തിരിച്ച് വന്ന ചരിത്രമാണ് കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനുള്ളത്. ഇത്തവണയും ആ ചരിത്രം ആവർത്തിക്കുകയാണ്. 1970 ൽ വിദ്യാർഥി സംഘടനാ പ്രവർത്തനത്തിലൂടെയാണ് രഷ്ട്രീയ ജീവിതത്തിന്റെ തുടക്കം. എസ്.എഫ്.ഐ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി , അഖിലേന്ത്യ ജോ സെക്രട്ടറി എന്ന നിലയിൽ പ്രവർത്തിച്ചു തുടർന്ന് ഡി.വൈ എഫ് നേതൃത്വത്തിലേക്ക് . 82 മുതൽ 2002 വരെ തലശ്ശേരിയിൽ നിന്ന് നിയമസഭയിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. 2006 ൽ വി.എസ് മന്ത്രിസഭയിലെ ആഭ്യന്തര വകുപ്പ് മന്ത്രി. ആലപ്പുഴ സമ്മേളനത്തിൽ ആദ്യമായി സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി പദവിയിലെത്തി .
രണ്ട് ടേമുകളിലായി സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി പദവിയിലിരിക്കെ മക്കളായ ബിനീഷും ബിനോയിയും ഉൾപ്പെട്ട വിവാദങ്ങളായിരുന്നു കോടിയേരിക്ക് എക്കാലത്തും തലവേദന സൃഷ്ടിച്ചത്. അതിനൊപ്പം ഗുരുതര ആരോഗ്യ പ്രശ്നങ്ങളും ഉണ്ടായതോടെ 2020 ൽ 11 മാസത്തോളം സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്ത് നിന്നും മാറി നിന്നു .അപ്പോഴൊക്കെ പാർട്ടിയിലെ രണ്ടാമനെ കൈ പിടിച്ച് സംരക്ഷിച്ചത് പിണറായി വിജയനായിരുന്നു. ആ കരുതൽ തന്നെയാണ് എതിർ ശബ്ദങ്ങൾ ഇല്ലാതെ മൂന്നാം തവണയും കോടിയേരിയെ പാർട്ടി സെക്രട്ടറി പദത്തിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുത്തത്.